국가안보나 해양 영토 관리 강화를 위해 별도로 지정하여 국가가 특별히 관리하는 항으로, 최대 5천톤급 대형 선박이 접안할 수 있는 시설을 개발, 해군 경비정이나 군함이 언제든 정박할 수 있도록 하며 터미널 개선 등 인프라 개선을 한다는 계획이다. 예정지는 서해 5도의 백령도(용기포항), 연평도(연평도항), 대청도(대청항)와 울릉도(사동항), 독도, 가거도, 대흑산도, 추자도, 화순항, 강정항 등 10개항이다.